Erstes fanziskanisches Doppelkloster nördlich der Alpen: Neben dem Orden der Santa Clara (Klarissen) besteht seit 1235 ein Minoritenkloster (für männliche Franziskaner - auch "Prager Assisi"), erste Äbtissin ist die Gründerin, Prinzessin Agnes von Böhmen (sie gründet auch den Hospitalorden der Kreuzherren mit dem roten Stern ). Grablege von König Wenzel I., bedeutendste Anlage frühgotischer Baukunst in Prag, die sich in der Zeit ihrer Blüte über sieben Kirchen und zwei Kreuzgänge ausdehnt, heute Nationalgalerie mit dem Thema sakrale Kunst Böhmens und Zentraleuropas 1200–1550, darunter Gemälde Lucas Cranach d. Ä. und Albrecht Altdorfers. Eine Besonderheit Teile eines Flügelaltars, mit dem Hauptwerk Madonna von Rudnice von 1380, Meister von Wittingau zugeschrieben.

Den aus San Damiano nahe Assisi eintreffenden Nonnen schließen sich sieben Jungfrauen aus dem böhmischen Hochadel an. Agnes' Heiratspläne scheitern, sie wird Nonne. Die Hussiten vertreiben die Nonnen, zerstören das Mobiliar, verkaufen Grund und Boden, die Gebäude werden Lagerhallen, danach wechselnde Eigner, Klosterbrüder verschiedener Herkunft, Chicoréefabrik.
1893 Gründung der Gesellschaft zur Erneuerung des Klosters der Gesegneten Agnes, Wiederaufbau - 1986 abgeschlossen, in den 1940er Jahren archäologische Untersuchungen, bedeutende Gräber der Premysliden entdeckt, darunter das von Agnes und Wenzel I. 2002 verheerende Überschwemmung.
Vom ursprünglichen Bauwerk sind Kapitelsaal, Refektorium und Kreuzgang erhalten. Ältestes Gebäude ist die St.-Franziskus-Kirche von 1234, quadratisch angelegter Paradieshof.