Io, die Geliebte des Zeus gab dem Meer seinen Namen.
Im Ionischen Becken befindet sich die tiefste Stelle des Mittelmeer: 5.267 m tief ist das Calypsotief (36°34'N 021° 08'E) - Kalypso hält Odysseus 7 Jahre auf ihrer Insel Ogygia fest, und entlässt ihn dann mit navigatorischen Tipps zur Heimkehr auf seinem selbstgebastelten Floß ...
Im Norden verbindet die Straße von Otranto das Ionische Meer mit der Adria, im Westen die Straße von Messina mit dem Tyrrhenischen Meer, am Ende des Golfs von Korinth verbindet seit 1893 der Kanal von Korinth es mit der Ägäis und im Süden öffnet es sich zum Libyschen Meer.