Die Kirche ist nicht die einzige in der tschechischen Hauptstadt, die Nepomuk geweiht ist. Kilian Ignaz Dientzenhofer (siehe ) entwirft - kurz nach der Heiligsprechung Nepumuks durch den Papst - den Plan für die Kloster- und Stiftskirche in der Prager Neustadt an der Vyšegradská in exponierten Lage mit eindrucksvoller Front, Freitreppe und über Eck gestelltem Doppelturmpaar für die Johannes-von-Nepomuk-Bruderschaft, ein barockes Kleinod. Die doppelläufige, mehrfach gebrochene Rampenfreitreppe ist renovierungsbedürftig und unzugänglich, man betritt die Kirche durch das unscheinbare barocke Nordportal neben dem geheimnisvollen Faust-Haus (siehe unten) vom Karlsplatz aus.

Der oktonale Kirchengrundriss mit konkaven Seiten spiegelt sich in der oktogonalen Kanzel mit Schalldeckel, die vergoldete Attribute der vier Evangelisten schmücken.
Auf dem Hauptaltar die Holzstatue Johannes Nepomuks, Modell für die Statue auf der Karlsbrücke und unzählige Nepomuk-Darstellungen auf bayerischen und böhmischen Brücken. Im Hauptfresko der Kuppel stellt der der Maler Jan Karel Kovář sich selbst vor der Staffelei dar.
In der Kirche finden regelmäßig Gottesdienste der Deutschsprachigen Katholischen Gemeinde in Prag statt.
Die Bruderschaft zu Ehren der Jungfrau Maria und des Johannes Nepomuk ist eine religiöse Vereinigung, für sie wird ein eigenes Gebäude an die Kirche gebaut.

Wenzel IV. der Faule (1361 - 1419)

Historiker bezeichnen ihn als Paranoiker und Tyrannen, der mit der Reitpeitsche um sich schlägt, große Hunde auf unliebsame Menschen hetzt oder sie aus fadenscheinigsten Gründen hinrichten lässt. Die meiste Zeit soll sich er mit Jagdhunden eingeschlossen haben. Vermutlich seit dem Tod seiner ersten Frau Alkoholiker, der 1398 als betrunkener König nicht am Festmahl des französischen Königs Karl VI. in Reims teilnehmen kann, ein Skandal. Die Unbeliebtheit Wenzels verstärkt die Herausbildung des tschechischen Nationalcharakters, der sich vor allem durch den Gegensatz zum Deutschen definiert.
Wer ist dieser Wenzel, der Nepomuk, den verhassten Beichtvater seiner Frau - aus welchem Grund auch immer - foltern und ermorden lässt?
Mit zwei gekrönt zum König von Böhmen, das er bis zu seinem Tod mehr schlecht als recht regiert, Sohn Kaiser Karls IV. und Anna von Schweidnitz, dritter Frau seines Vaters, der ihn als Nachfolger vorsieht, erzieht und stirbt, als er 16 ist.
1376 wird Wenzel zum Rex Romanorum gewählt, tritt 1378 die Nachfolge seines Vaters als König des Heiligen Römischen Reichs an, kümmert sich aber selten um Reichsangelegenheiten, von unfähigen Beratern gelenkt, wird zunehmend despotisch.
1384 nehmen Adlige Wenzel gefangen und setzen ihn in Prag fest, Jobst von Mähren übernimmt die Verwaltung. Nach seiner Rückkehr muss Wezel sich verpflichten, die ausfständischen Rebellen nicht zu bestrafen. 1394 erneut auf der Prager Burg inhaftiert, nach Kämpfen mit Adel und Verwandten wieder entlassen.
1396 versucht Wenzel, die Lage mit Hilfe seines Bruder Sigismund wieder in den Griff zu bekommen. 1397 verschärft sich die Lage, der König berücksichtigt neben dem hohen Adel wieder Günstlinge aus dem niederen Adel, es kommt zu Mordanschlägen, 1400 setzen die Kurfürsten Wenzel als unnützen, trägen, unachtsamen Entgliederer und unwürdigen Inhaber des Heiligen Römischen Reiches ab, wählen Ruprecht aus dem Hause Wittelsbach zum König.
Auch in Böhmen geht es bergab. Auf Druck der Aristokraten beruft Wenzel Bruder Sigismund nach Böhmen, dem er faktisch die Verwaltung überlässt und die böhmische Krone nach seinem Tod verspricht - Gegenleistung: Sigismund soll ihm zum Rückgewinn der Reichskrone verhelfen. Sigismund nimmt ihn gefangen, nach Zwischenspielen flieht Wenzel 1403, 1419 spitzt sich der Konflikt mit den Hussiten zu, Wenzel flieht wieder und stirbt.